به طور معمول باید از تابع move_uploaded_file استفاده کنید
http://php.net/manual/en/function.move-uploaded-file.php
اگه این تابع انتقال نمیده و اپلود به درستی انجام شده و فایل تو تمپ ایجاد شده ممکنه این تابع روی سرور بسته باشه یا پرمیشن کاربری شما برای write تو پوشه ها تنظیم نشده
بجز اینها میتونین از توابع openfile و writefile وreadfile یا تابع copy برای انتقال یک فایل استفاده کنید